Το ΙΤΕ διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.), το οποίο αποτελείται από τον Διευθυντή της Κεντρικής Διεύθυνσης (Πρόεδρο), τους Διευθυντές των Ινστιτούτων, εκπρόσωπο της Γενικής Γραμματείας Έρευνας και Καινοτομίας, εκπρόσωπο των Ερευνητών και εκπρόσωπο των εργαζομένων. To Δ.Σ. είναι το ανώτατο όργανο διοίκησης του ΙΤΕ.

Πρόεδρος
	Βασίλης Χαρμανδάρης Πρόεδρος ΔΣ ΙΤΕ, Διευθυντής ΚΔ ΙΤΕ Καθηγητής, Τμήμα Φυσικής, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 391200 charmandaris@admin.forth.gr
Μέλη
	Δημήτρης Πλεξουσάκης Αντιπρόεδρος ΔΣ ΙΤΕ, Διευθυντής Ινστιτούτου Πληροφορικής Καθηγητής, Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 391637 dp@ics.forth.gr
	Εμμανουήλ Στρατάκης Αναπληρωτής Διευθυντής Ινστιτούτου Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ Διευθυντής Ερευνών ΙΗΔΛ +30 2810 391274 stratak@iesl.forth.gr
	Γιάννης Βόντας Διευθυντής Ινστιτούτου Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας Καθηγητής, Τμήμα Επιστήμης Φυτικής Παραγωγής, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών +30 2810 391136 vontas@imbb.forth.gr
	Χαράλαμπος Μακριδάκης Διευθυντής Ινστιτούτου Υπολογιστικών Μαθηματικών Καθηγητής, Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810 391800 c.g.makridakis@iacm.forth.gr
	Τζελίνα Χαρλαύτη Διευθύντρια Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών Καθηγήτρια, Τμήμα Ιστορίας Αρχαιολογίας, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2831106010 gelina@ims.forth.gr
	Θεόφιλος Ιωαννίδης Διευθυντής Ινστιτούτου Επιστημών Χημικής Μηχανικής Διευθυντής Ερευνών ΙΕΧΜΗ +30 2610965264 theo@iceht.forth.gr
	Ιωάννης Γεντεκάκης Διευθυντής Ινστιτούτου Γεωενέργειας Καθηγητής, Σχολή Χημικών Μηχανικών και Μηχανικών Περιβάλλοντος, Πολυτεχνείο Κρήτης +30 2821037752 i.yentekakis@ipr.forth.gr
	Σάββας Χριστοφορίδης Διευθυντής Ινστιτούτου Βιοΐατρικών Ερευνών Καθηγητής, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων +30 2811392166 savvas_christoforidis@bri.forth.gr
	Βασιλική Παυλίδου Αναπληρώτρια Διευθύντρια Ινστιτούτου Αστροφυσικής Ερευνήτρια ΙΑ Συνεργαζόμενο Μέλος ΔΕΠ, Καθηγήτρια στο Τμήμα Φυσικής, Πανεπιστήμιο Κρήτης +30 2810394211 pavlidou@ia.forth.gr
	Παναγιώτης Δελούκας Διευθυντής Ελληνικού Ινστιτούτου Γονιδιωματικής του Ανθρώπου Καθηγητής Καρδιοαγγειακής Γενομικής, Πανεπιστήμιο Queen Mary University London, Ηνωμένο Βασίλειο p.deloukas@qmul.ac.uk
	Mαρία Κλάπα Εκπρόσωπος Ερευνητών ΙΤΕ Διευθύντρια Ερευνών, Ινστιτούτο Επιστημών Χημικής Μηχανικής +30 2610 965249 mklapa@iceht.forth.gr
	Κώστας Χατζηγιαννάκης Εκπρόσωπος Εργαζομένων ΙΤΕ Ινστιτούτο Ηλεκτρονικής Δομής & Λέιζερ +30 2810 391120kostas@iesl.forth.gr
	Ελένη Μαράκη Εκπρόσωπος της Γενικής Γραμματείας Έρευνας & Καινοτομίας Εντεταλμένη Σύμβουλος Παιδείας & Δια Βίου Μάθησης, Περιφέρεια Κρήτης